苹果的六大器官分为根、茎、叶、花、果实、种子。
(1)根
1苹果树根系种类
苹果根系按功能可分为两类:一类为具有次生结构的褐色或黄褐色的根系，主要行使固定、贮藏和输导功能，在发育过程中有的更新死亡，有的转化为多年生次生根;另一类为具有初生结构的白色根，主要行使吸收合成功能，在发育过程中，部分吸收根死亡，另一部分转化为次生根。
2苹果树根系分布
苹果树根系水平伸展可达树冠直径的1.5~3倍，在疏松土壤较广，而在比较黏重的土壤较狭;根系深度可达80~100厘米的土层内，乔砧苹果根系多集中于20~60厘米，而矮砧苹果根系集中在15~40厘米，80厘米以下根系很少。
3苹果树根系生长规律
苹果的根系没有自然休眠期，在一年内只要满足根系生长的条件，可全年不停地生长。春季随地温升高根系开始活动，一年中出现2~3次发根高峰。第1次生长高峰是萌芽前1周左右至春梢旺长前10天左右出现，这次发根的时间较短发根数量较多，主要发生吸收根。第2次高峰是在春梢生长缓慢至停长期。此时地上部新梢停止生长，当年的养分积累较多，土温适宜，是全年发根最多的时期，延续4周左右。第3次高峰是从秋梢缓慢生长后至落叶前，是全年发根持续时间最长的时期。生产上在此期前施基肥，有利于增加树体的贮藏养分。盛果期的大树则只有春、秋两次生长高峰。
4苹果树根系生长温度
苹果的根系垂直和水平分布受砧木种类、品种、士壤、地下水位及树体养分状况的影响如用八棱海棠作砧木，须根发达;山荆子砧木则细长，根较稀疏。苹果的根系生长在7~20℃最适宜，1~7℃和20~30℃时生长减弱，当土温低于0℃或高于30℃时，根就不能生长。长期处于高温(35℃以上)或低温(-12℃)条件下，根系会死亡。土壤相对湿度为60%~80%，有利于根系生长，相对湿度低于50%根系生长受阻，土壤空气中的含氧量在10%以上时，根系才能正常活动，15%以上时发生新根，低于5%则根系停长。当土壤中的二氧化碳含量达到10%时，抑制根系生长。土壤孔隙度达10%以上时，根才能正常生长。当十壤肥沃，水、气热量平衡时，苹果的根系发达。
5苹果树根系特点
苹果树根系的加粗生长只表现在永久性根上，一般在9月上旬有一段显著加粗的时期，约为10天。另外，根系与地上部的枝类组成密切相关。当树体中长枝多时，1~5毫米的根多;短枝多时，小于05毫米的细根多。同时按功能将新根分成延长根(生长根)和吸收根。前者长而粗壮，生长迅速，主要功能是延长和扩大根系分布范围，也具有一定的吸收能力。后者细短，密生成网状发生量大，主要功能是吸收养分和水分不能加粗，寿命为15~25天。
(2)茎
1.主干 2.主枝 3.中干 4.辅养枝 5.延长枝 6.枝组
1根颈 根与地上部的交界处，也就是主干与主根相接的地方，叫做根颈。根颈是全树最敏感的部位，秋季停止生长最晚，春季解除休眠最早，所以，在冬、春季比较寒冷的地区，根颈比其他部位容易遭受冻害。
2树干 乔砧苹果树，从根颈以上到着生第1个分枝的地方，叫做树干，也就是主干。
主干除支撑整个树冠的枝系以外，由根部吸收的水分和养分，需要经过主干运送到地上部的各个器官中去，由地上部的叶片所制造的碳水化合物，也要经过主干输送根部。所以，树干也是地上和地下部营养输送和交换的交通要道。树干的高低，是否健壮和完整，对地上部的枝叶和地下部根系的生长，都有重要作用。
3树冠 在树干以上着生的枝条，统称为树冠。树冠是由多种枝条所组成。这些枝条，因其着生部位、长势以及功能等的不同，又可分为：中心领导枝、主枝、侧枝、延长枝和辅养枝等;这些枝条又根据其是否结果而分为营养(发育)枝和结果枝。
4中心领导枝，也称中央领导枝或中央领导干，或简称中干，是树冠中心直立或弯曲向上生长的骨干枝条。中干位于全树的中央，是树体的主轴。主枝、侧枝、裙枝、辅养枝及部分枝组，都着生在中干上。中干的长短，决定树冠的高低。中干与主枝，既相互促进，又相互制约。
5主枝在中干上的着生位置，又把离地面最近的主枝，称为第1主枝，依次向上则称为第2主枝和第3主枝。在生产中，习惯上又把第1、2、3个主枝，称为第一层主枝。由于各主枝的着生位置不同，而构成多种不同的树形。所以，在修剪过程中，应按预定树形，选留着生位置、距离、角度、方位都比较适宜，而且长势较强的枝条作为主枝。
6侧枝，是从主枝上分生出来的枝条，在侧枝上再分生出的枝条，则称为副侧枝。侧枝和副侧枝是扩大树冠，着生各类枝条和结果枝组的部位。因此，在修剪过程中，要根据树形的要求，有意识地选留和培养侧枝，并使这些侧枝均匀地着生于主枝上，以利于各类枝组的配置和结果。
7骨干枝。中心领导枝、主枝和侧枝，是构成树冠的骨架，所以，这几种枝条，又统称为骨干枝。在骨干枝上或两个骨干枝中间所着生的枝条，是暂时用于补充空间、辅助骨干枝生长用的，所以叫做辅养枝，而有些是长期保留，用于结果和扩大结果面积的，称为结果枝组。在苹果幼树和初果期的树上，适当多留些辅养枝，有利于骨干枝的健壮生长、增强树势、扩大树冠和早期结果，所以，辅养枝是初果期苹果树的主要结果部位。随着树冠的扩大和结果部位的增多，树冠出现郁闭、内膛光照不良时，有些辅养枝可以疏除，而有些辅养枝仍需保留，但要根据空间大小，逐步改造为结果枝组。
8营养枝 也称发育枝，就是没有着生花芽和果实的枝条，是培养各级骨干枝和结果枝组的基础。着生在各级枝条先端的发育枝，可使各级枝继续延长生长，所以称为更长枝;着生在中、下部的发育枝，也称为侧生枝，可用于培养侧枝、副侧枝或结果枝组。发育枝又因其长短和质量的不同而分为：长枝、中枝、短枝、叶丛枝和徒长枝5种。长度在35厘米以上，且具有春、秋梢的枝条，为长枝;5.1～35厘米的为中枝;0.6～5.0厘米的为短枝;0.5厘米以下的为叶丛枝;由隐芽和不定芽萌发的、组织不充实的枝条为徒长枝。
在苹果树上，短枝是形成花芽的主要枝类，丰产树，多是健壮短枝多，长枝、弱枝少;苹果树在盛果期以前，徒长枝一般没有利用价值，所以应该及早从基部抹除，以节省营养;进入衰老期的苹果树，需要利用徒长枝进行更新时，应及早摘心，促其充产、健壮。
当年抽生并带有叶片的枝条，称为新梢。由于新梢形成的时间不同，又可分为春梢和秋梢。春季萌发，夏季停止生长的部分，叫做春梢;秋季抽生的部分，称为秋梢。春梢组织充实，芽体饱满，叶片肥厚，光合效能高;秋梢组织不充实，叶片小而薄，芽体也多不饱满，冬季较易遭受冻害。春梢和秋梢交界的地方，有一段生长缓慢，节间很短，叶片很小、芽体也不充实的部份，称为“环痕”。修剪时在此处短截，或者发枝很弱，或者根本不发枝，所以，此处又称为“盲节”。修剪中称为“戴帽”修剪的，也就是在此处(盲节)短截。
新梢上着生的叶片，是果树进行光合作用，制造营养物质，供给地下根系和地上各部生长发育的主要器官，是树体生长发育所必不可少的部分。因此，促进新梢的健壮生长，是苹果优质丰产的基础。
有些长势较旺的品种，或土层深厚，土质肥沃，肥水充足的苹果园，在新梢加长和加粗生长的同时，其叶腋间的侧芽，有时也能在形成的当年萌发成为新梢，这种由当年生枝所抽生的新梢，一般称为副梢，或者称为二次枝。
9结果枝 凡着生花芽能够开花结果的枝条，称为结果枝。品种不同，结果枝上花芽着生的部位，也不完全一样。多数苹果品种的花芽，着生在结果枝的顶端，所以叫做顶花芽。有些品种如富士系、金冠系及小叶子等，在新梢的叶腋间，也能形成花芽，因这种花芽着生在叶腋间，所以又称腋花芽。
由于结果枝的长短不同，又可分为长果枝、中果枝和短果枝。长度在5厘米以下的果枝，称为短果枝;长度在5.1～15厘米的果枝，称为中果枝;长度在15.1厘米以上的果枝，称为长果枝。
苹果的品种不同，树龄不同，长势强弱不同，长、中、短果枝的比例是不一样的。乔砧苹果树和幼树，一般长果枝较多;矮砧苹果和短枝型品种，中、短果枝较多。各种果枝的结果能力也不一样。因此，在进行修剪之前，先要弄清不同品种、各种果枝的着生情况，并据此采取相应的修剪措施。
每个花芽所着生的花，其开放的先后，都有一定的顺序。苹果树是中心花先开。在正常情况下，先开的花结果最好，所以，疏花疏果时，应尽量选留中心花中心果。
(3)叶
叶片椭圆形、卵形至宽椭圆形，长4.5-10厘米，宽3-5.5厘米，先端急尖，基部宽楔形或圆形，边缘具有圆钝锯齿，幼嫩时两面具短柔毛，长成后上面无毛;叶柄粗壮，长约1.5-3厘米，被短柔毛;托叶草质，披针形，先端渐尖，全缘，密被短柔毛，早落。
叶片随发育枝的生长不断形成，叶片的增长在发芽后2周开始，历时约两个月，高峰期在发芽后第4-5周。叶片的数量随春稍和秋稍的生长而增加，随着气温降低，叶片开始衰老。
(4)花
伞房花序，具花3-7朵，集生于小枝顶端，花梗长1-2.5厘米，密被绒毛;苞片膜质，线状披针形，先端渐尖，全缘，被绒毛;花直径3-4厘米;萼筒外面密被绒毛;萼片三角披针形或三角卵形，长6-8毫米，先端渐尖，全缘，内外两面均密被绒毛，萼片比萼筒长;花瓣倒卵形，长15-18毫米，基部具短爪， 白色，含苞未放时带粉红色;雄蕊20，花丝长短不齐，约等于花瓣之半;花柱5，下半部密被灰白色绒毛，较雄蕊稍长。
(5)果实
苹果的果实是由子房和花托发育而成的假果，其中子房发育成果心，花托发育成果肉，胚发育成种子。果实的体积膨大，前期靠细胞迅速分裂的细胞数目的增多，后期靠细胞体积的膨大。
果实体积的膨大，中期到成熟之前较快，初期和末期较慢，果实重量以成熟前一个月增长最快。果实发育期的长短，一般早熟品种为65～87天，中熟品种为90～133天，晚熟品种为137～168天。
果实色泽是商品的重要指标。苹果着色的好和差与糖分的积累、矿质元素的协调、环境条件和激素种类、含量等关系很大。
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